CreaTools : outils et cadre de développement pour des applications de traitement d’images médicales

Intervenant(s) : Eduardo Enrique Dávila Serrano, Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux, Frédéric Cervenansky, Claire Mouton, Sorina Camarasu-Pop, Leonardo Flórez Valencia, Marcela Hernández Hoyos, Maciej Orkisz

  • Langue : Français
  • Niveau : Confirmé
  • Type d'événement : Conférence
  • Date : Lundi 9 juillet 2012
  • Horaire : 16h20
  • Durée : 40 minutes
  • Lieu : Uni Mail R170
Public cible : Professionnels

Résumé

Initié au laboratoire CREATIS, CreaTools (http://www.creatis.insa-lyon.fr/sit...) est un projet en collaboration avec les universités de los Andes et Javeriana de Colombie. Il propose des applications autonomes pour les utilisateurs finaux et une plate-forme open-source complète pour développer rapidement/prototyper des workflows de traitement d’image médicale grâce à des visualisations et des interactions utilisateurs avancées. Il s’appuie sur BBTK, un environnement multi-plateforme flexible(Linux, Windows et MacOS) développé en C++, ce qui garantit une connexion facile avec des modules hétérogènes C++. Il fournit à l’utilisateur des bibliothèques de composants de haut niveau afin de construire des interfaces graphiques, y compris d’entrée / sortie (gestion des fichiers), d’affichage, d’interaction, de traitement des données, etc … Actuellement, ces composants (boîtes noires) sont principalement basées sur les bibliothèques open-source tierces les plus utilisés : VTK, ITK, wxWidgets et Qt. Les utilisateurs finaux ont accès à : 1) des mini-outils tels que l’alignement rigide interactive d’images 2D et 3D, recadrage d’image, le rééchantillonnage, etc... 2) des applications complètes comme une visionneuse 3D de pointe, y compris le rendu de volume interactif et le rendu de surface avec plusieurs iso-valeurs, ainsi que d’un traceur de contour interactive N images bidimensionnelles, calculer un nombre de données statistiques dans les régions d’intérêt et sur leurs contours.

Les développeurs peuvent utiliser les modules existants et / ou en créer de nouveaux, et de les assembler dans des pipelines, afin de construire soit des applications autonomes ou de nouveaux modules complexes (méta-widgets), réutilisables dans d’autres applications. Plus de 300 boîtes noires sont actuellement disponibles. L’édition des pipelines et des tests sont facilités par un éditeur graphique conviviale offrant plusieurs formes d’aide en ligne. Un autre outil très utile est creaNewProject qui génère toute la structure d’un nouveau projet C++, y compris les bibliothèques tierces nécessaires et l’accès aux paquets BBTK. Cette structure est basée sur CMake et permet à l’utilisateur de générer des projets pour les plates-formes cibles. Les outils nécessaires pour intégrer les classes C++ dans de nouvelles boîtes noires sont également disponibles. Les CreaTools sont utilisés dans plusieurs projets. Par exemple, la plate-forme d’intégration de logiciels dans le projet STREP européen THROMBUS (http://www.thrombus-vph.eu/). Les autres projets de recherche, où les CreaTools ont été ou sont utilisés avec succès, incluent des études cardio-vasculaires, l’analyse des os maxillo-faciale, la segmentation des coraux et la quantification de la perfusion cérébrale, le tissu adipeux viscéral, de la ventilation pulmonaire, etc … Les publications liées aux projets scientifiques utilisant les CreaTools sont répertoriés sur la page du projet PLUME (https://www.projet-plume.org/en/rel...).

Les évolutions en cours suivi trois axes principaux :

1) l’interopérabilité - de garantir le lien entre BBTK et Slicer3D/CTK, et comprennent Matlab dans les flux de travail, 2) le calcul distribué - fournir des workflows de traitement d’image avec un accès direct aux ressources informatiques diverses telles que les clusters et les grilles, 3) la réalité virtuelle - afin de faciliter l’interaction avec des images 3D, par l’utilisation de stéréovision et les dispositifs de contrôle à distance.

Les CreaTools peuvent être utilisés, modifiés et redistribués sous les termes de la licence CeCILL licence française en respectant les règles de distribution du logiciel libre. Ils sont protégés par l’Agence française pour la Protection des Programmes (IDDN.FR.001.250014.000.SP2010.000.20700).

Biographie

Eduardo E. DAVILA SERRANO

Etat civil : né à Bogotá, Colombie en 1972, nationalité française et colombienne.

Situation actuelle : depuis 2008 ingénieur d’études CNRS, CREATIS UMR 5220.

Diplômes :
- DEA Images & Systèmes, INSA de Lyon, 2002
- Master of Science Sistemas y Computación, Universidad de los Andes (Bogotá), 2002
- ingénieur informaticien Universidad de los Andes (Bogotá), 1999
- ingénieur mécanique Universidad de los Andes (Bogotá), 1999

Expérience :
- 2007 ingénieur CDD, CREATIS
- 2004-2006 attaché scientifique, CDD, Hospices Civils de Lyon, Hôpital Cardiologique Louis Pradel
- 2003 ingénieur de recherche, CDD, Theralys, Lyon France
- 1999-2000 ingénieur assistant Universidad de los Andes, Bogotá
- 1992-2000 programmeur Samira Software, Bogotá
- 1997-1999 programmeur Interactivo Multimedia, Bogotá.